ระหว่างวันที่ 28 – 30 กันยายน พ.ศ. 2503 ผู้นำ 21 คนของพรรคปฏิวัติได้มีการประชุมลับที่สถานีรถไฟในกรุงพนมเปญ ซึ่งมาจากฝายในเมือง 14 คน ฝายชนบท 7 คน และเกิดความขัดแย้งระหว่างฝ่ายที่นิยมเวียดนามและฝ่ายต่อต้านเวียดนามขึ้นในการประชุมครั้งนี้ ในการประชุมครั้งนี้ พรรคเปลี่ยนชื่อเป็นพรรคกรรมกรกัมพูชา โดยมีประเด็นสำคัญคือจะร่วมมือกับพระนโรดม สีหนุหรือไม่ มีการจัดตั้งโครงสร้างพรรคขึ้นใหม่ โดยมีคณะกรรมการกลาง ตู สามุตเป็นเลขาธิการทั่วไป นวน เจียเป็นรองเลขาธิการ คณะกรรมการมี พล พต เอียง ซารี และแก้ว เมียส ในสมัยกัมพูชาประชาธิปไตยจะถือว่าวันนี้เป็นวันก่อตั้งพรรค

ต่อมา ในวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2505 ตู สามุตถูกฝ่ายรัฐบาลสังหาร บ้างว่าหายตัวไป ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2506 ในการประชุมทั่วไปของพรรคครั้งที่ 2 พล พตได้เป็นเลขาธิการทั่วไปสืบต่อจากตู สามุต นวน เจีย และแก้วเมียส ถูกปลดออกจากคณะกรรมการ โดยซอน เซนและ วอน เวตขึ้นดำรงตำแหน่งแทน ทำให้พล พต และกลุ่มปัญญาชนปารีสขึ้นครองอำนาจในพรรค และเริ่มกำจัดผู้ที่นิยมเวียดนามออกไป